房子拆迁时第二层楼被指违建，可能存在以下法律风险点：
1. 经济损失风险：若第二层楼被认定为违建，拆迁时可能无法获得对应补偿，且可能面临罚款——例如农村自建房未取得乡村建设规划许可证加建二层，拆迁时该层不计入合法建筑面积，无法获得安置补偿，同时可能被处以建设工程造价5%-10%的罚款。
2. 强制拆除风险：若第二层楼被认定为违建且无法采取改正措施，可能被法院判决强制拆除——例如商铺未经许可改建二层，影响消防通道或建筑安全，规划部门作出限期拆除决定后，逾期未拆的会被申请法院强制执行，拆除费用需由房主承担。
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针对房子拆迁时第二层楼是否违建的判断，可依据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定进行分析。
根据2019年修正的《中华人民共和国城乡规划法》第四十一条，农村自建房在原有宅基地建设需遵守省、自治区、直辖市制定的规划管理办法，且需取得乡村建设规划许可证；商铺或城市住宅改建/加建二层，需取得建设工程规划许可证（对应法条第六十四条逻辑）。若第二层楼未取得对应许可证，或虽取得但违反许可规定（如层高超标准、改变用途），则符合“未取得规划许可或违反规划许可建设”的违建定义，拆迁时可能被认定为违建；若许可证齐全且符合规定，则不属于违建。
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房子拆迁时第二层楼是否被认定为违建，存在以下特殊情况或例外情形：
1. 历史遗留建筑例外：若第二层楼建设于相关规划法规实施前（如农村自建房二层建于1990年《城乡规划法》实施前），且符合当时的政策规定，即使未取得现在的规划许可证，部分地区会认定为历史遗留合法建筑——拆迁时可按合法面积补偿，不会被认定为违建。
2. 政策变化导致的例外：若建房时当地政策允许二层，但后续政策调整收紧了层高要求，且第二层楼已取得当时的合法审批——根据“法不溯及既往”原则，拆迁时一般不会因后续政策变化认定为违建。
3. 补办手续合法化情形：若第二层楼未取得审批但符合当地补办条件（如农村自建房二层建于2000年后，未超宅基地范围且符合村庄规划），通过补缴罚款、完善材料补办了乡村建设规划许可证——补办后该层从违建转为合法，拆迁时可获得补偿。
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房子拆迁时第二层楼被指违建，以下是常见的错误操作行为：
1. 拒绝配合部门调查：收到规划部门的调查通知后，以“拆迁在即”为由拒绝提供材料或接受询问——可能被认定为态度恶劣，增加违建认定的概率，甚至面临更重的处罚。
2. 自行拆除或改造第二层楼：在未明确合法性前，擅自拆除或二次改造第二层楼——若后续证明其合法，拆除造成的损失需自行承担；若改造未获批，还会加重违建情节。
3. 忽视证据保存：将建设/改建时的审批文件、缴费凭证随意丢弃，仅口头主张“当时合法”——缺乏书面证据支撑，难以推翻违建认定，在拆迁协商或诉讼中处于劣势。
若您已出现类似错误操作，或担心操作不当影响权益，建议及时向律师咨询补救措施。

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